江海軍區批準了鳳凰山基地的聯合作戰訓練模型“越過海洋”，并要求鳳凰山基地盡快完成對這一模型的測試和調試，完善有關軟件，準備容納部隊訓練。在調試過程中，使用先進武器裝備和先進訓練手段之后的訓練管理問題日漸突出，郭長慶(楊樹泉 飾)等人在現代軍事素養方面的差距日益明顯，他試圖通過一些捷徑來彌補差距，結果只能是走上弄虛作假的道路。江永良好心給他補課，反被看作是有意拆臺、居心叵測、搶班奪權，兩人間暴發了激烈的沖突。郭長慶進行權力操作，企圖逐走江永良，受到了軍區領導的嚴厲批評。　　　　孔令光回國后，鼓起勇氣，向田夢虹(張雅欣 飾)表達愛意，被田夢虹婉言拒絕。不久，孔令光調至某部空中特勤大隊任大隊長，在執行驅逐侵入我國領空的外國戰機的任務時發生意外，飛機墜入大海。江永良帶領基地船隊配合海軍全力搜索，也沒有發現孔令光的蹤影。田夢虹深感內疚，她不顧江永良的勸解，遠走它鄉。　　　　江海軍區領導忽然來到鳳凰山基地，考核基地領導班子，郭長慶等一批軍官因多項考核分數不及格而被免去了職務，江永良被任命為基地司令。江永良修改聯合作戰訓練模型，刪除了團和排兩個節點，以提高指揮效率和反應速度。此舉引來了很大的爭議。許多人向羅懷中告狀，各方面領導也十分關注這一信息，羅懷中表示既然已經把鳳凰山基地定性為“特區”，就應該允許進行各種實驗。　　　　黃鐵桂被開釋后，認識到了自己的錯誤，主動來基地道歉。江永良通過田夢虹，設法替他找回了老婆。黃鐵桂感激萬分。鳳凰山基地以此為契機，恢復了同云西村的良好關系。