炮火連天，硝煙滾滾，黑旗軍與日本人展開了生死搏斗，勢單力薄的黑旗軍根本不是對手，很快就敗下陣來，關(guān)鍵時刻，阿妹和族人及時出現(xiàn)，帶著黑旗軍逃走，還準(zhǔn)備了一支隊伍埋伏在樹林中。日本人對叢林地形不熟悉，一下子跌入陷阱，被伏兵打得落花流水，劉永福(湯鎮(zhèn)業(yè) 飾)非常解恨地看著這一幕，現(xiàn)在終于可以關(guān)門打狗了。

可是，黃飛鴻(鄭愷 飾)現(xiàn)在開始思念十三姨，那個大大咧咧的女孩，如果沒有自己在身邊，她會不會被人欺騙呢？黃飛鴻想著想著，翻來覆去無法入睡，他現(xiàn)在還沒想好，是去是留。桂向彤(任瀟楠 飾)在一旁開玩笑，讓黃飛鴻把十三姨讓給自己，黃飛鴻當(dāng)即翻臉。桂向彤收起了嬉皮笑臉的模樣，建議黃飛鴻回家，畢竟還有人惦記著他。

一波未平一波又起，士兵們突然集體染病，死亡人數(shù)日日都在增長，黃飛鴻仔細(xì)檢查了大家的病情，他來到河邊，用銀針試探了一下，發(fā)現(xiàn)毒液就在溪流之中。目前，軍營里雖然還有一些清水，但遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠大家引用，黃飛鴻認(rèn)出這是百爪撓心毒，他打算在附近尋找草藥解毒。

五花部落女子鹿雅(房鹿 飾)與桂向彤感情很好，他們正在互相謙讓喝水，突然得知有水源了！原來，是日本人給大家送來了水，他們貓哭耗子假慈悲，打算以此讓大家投降妥協(xié)，還逼迫大家交出劉永福。大多數(shù)族民和士兵都不答應(yīng)，只有幾個族人忍耐不住口渴，去喝了日本人的水，結(jié)果中毒暴斃。桂向彤等人一擁而上，殺了這幾個可惡的日本人。另一邊，黃飛鴻已經(jīng)研制出了解藥，大家的病癥迎刃而解，紛紛感激黃飛鴻的大恩大德。

可沒想到的是，黃飛鴻的藥只能抑制住病毒，卻不能根治，時間一長，大家又開始毒發(fā)，阿妹也感覺到身體不適，她已經(jīng)感染了病毒。鹿雅好言安慰，可是阿妹十分恐慌地逃跑了，根本不聽任何勸告。這天晚上，黃飛鴻偷偷做了一個木筏，打算離開，劉永福發(fā)現(xiàn)后將他扣了下來，他們這才發(fā)現(xiàn)，黃飛鴻也中毒了！原來，黃飛鴻是主動喝了毒水，然后感覺出缺少哪種藥材，準(zhǔn)備回到中原找藥。劉永福明白自己錯怪了黃飛鴻，便放他離開。黃飛鴻在臨走前還不忘叮囑阿妹，決不放棄，一定要等自己回來。

黃飛鴻一路輾轉(zhuǎn)，來到了福州，被士兵當(dāng)做可疑人等抓了起來，載鷙此時恰巧也在福州，士兵便將黃飛鴻送到了載鷙面前。兩人相見，頓時唇槍舌劍地爭吵起來，載鷙拿出一副畫著戰(zhàn)船的畫，展示給黃飛鴻看，并得意洋洋地表示，這就是大清水軍的將來。黃飛鴻不愿理會，他說明自己求藥的來意，載鷙欣然應(yīng)允，趁著載鷙拿藥的功夫，黃飛鴻偷走了他的印章。

很快，載鷙發(fā)現(xiàn)印章不翼而飛，若是讓黃飛鴻拿著印章私自出海，那載鷙就等于犯了瀆職之罪。于是，載鷙趕快吩咐手下通緝黃飛鴻，沒想到黃飛鴻早就帶著藥材出海了！福州的地方官陸太川本來就和載鷙有過節(jié)，這下更是抓住把柄不放，載鷙一怒之下干脆殺了這個狗官，然后眼睜睜地放走了黃飛鴻。其實，他的舉動也是補償當(dāng)年捅了黃飛鴻一刀，來成全兄弟情義。

當(dāng)黃飛鴻抵達(dá)島嶼時，發(fā)現(xiàn)尸橫遍野，一片狼藉，他拿著藥火速找到阿妹，可阿妹也奄奄一息，這都是日本人攻打造成的后果。阿妹無力地躺在黃飛鴻懷里，訴說著最后的情話，話音未落，阿妹就永遠(yuǎn)閉上了雙眼，離開了人世。黃飛鴻絕望地大哭，也無法挽回阿妹的生命。

此時已經(jīng)是深秋，載鷙忽然迎來了老佛爺?shù)囊坏朗ブ迹戏馉斅犘潘酥裕J(rèn)為載鷙盜取佛心，準(zhǔn)備把他打入大牢，載鷙攥緊了拳頭，心里都是怨恨，但不得不領(lǐng)旨謝恩。櫻花夫人(金夢陽子 飾)得知此事，倒是高興得很，原來，她早就在清朝的朝廷里安插了自己的耳目，專門為了扳倒載鷙，實在可恨。